Salah satu program ekstrakurikuler yang ada di SD Muhammadiyah Sepaten yaitu Tapak Suci. Tapak suci adalah organisasi otonom di lingkungan Muhammadiyah yang beraqidah Islam, bersumber pada Al-Qur’an dan As-sunnah, berjiwa persaudaraan, dan merupakan perkumpulan dan perguruan seni bela diri. Kegiatan ekstrakurikuler tapak suci ini diikuti oleh siswa-siswi kelas 3 sampai kelas 6.
Tujuan Tapak Suci adalah sebagai berikut:
- Mendidik serta membina ketangkasan dan ketrampilan pencak sitat sebagai seni beladiri Indonesia.
- Memelihara kemurnian pencak sitat sebagai seni beladiri Indonesia yang sesuai dan tidak menyimpang dari ajaran Islam sebagai budaya bangsa yang luhur dan bermoral.
- Mendidik dan membina anggota untuk menjadi kader Muhammadiyah.
- Melalui seni beladiri menggembirakan dan mengamalkan dakwah amar ma’ruf nahi munkar dalam usaha mempertinggi ketahanan Nasional.
